如何看qPCR数据是否可靠?
qPCR的全名是Real-time Quantitative PCR Detecting System,即实时荧光定量核酸扩增检测系统,也叫实时定量基因扩增荧光检测系统,简称qPCR。基因表达分析是生物学研究的重要领域,而定量PCR(qPCR)则是其关键技术之一。qPCR技术通过靶向特定基因序列,实现对基因表达水平的精确测量。
为了获得准确可靠的实验结果,需要对qPCR实验过程中的各个参数进行深入理解。一般来说,在qPCR数据分析中,判断数据是否可靠主要依据以下几个方面:
1.扩增曲线
扩增曲线(Amplification curve):在反应进行过程中,以循环数为横坐标,以反应过程中实时荧光强度为纵坐标,生成扩增曲线。
理论上PCR过程中反应产物是以指数增长的,但随着PCR循环数的增加,DNA聚合酶失活、dNTP和引物枯竭、反应副产物阻碍反应等原因,致使PCR的扩增效率降低,产物生成的速度逐渐减缓,因此扩增曲线是一条“S形”曲线。
扩增曲线可以分成四个时期:基线期,指数期,线性期,平台期。
理想的扩增曲线应该呈现出典型的 S 型曲线,起始时没有扩增,起峰时间正常,并能达到平台期。且曲线应该平滑,没有明显的锯齿状。
2.Ct值是否在合理范围
Ct值是PCR过程中,扩增产物的荧光信号达到设定的阈值时的扩增循环次数。
Ct值是判断实验成功与否的重要参考,所以应该在合理的范围内,一般来说,CT值应该在 15-35 之间,且复孔间的曲线重复性好。
一般内参基因14-22之间,并且样品间内参的Ct值差不超过1,表明内参基因表达量稳定。
目的基因Ct值一般是大于内参基因Ct值,一般14-35之间。如果目的基因Ct值超过了35,可能会影响最后实验结果的判断。所以,如果遇到Ct值偏大,最好再重复一次。
3.熔解曲线
不管Ct值多好,如果熔解曲线不对,就要重来。
什么是熔解曲线呢?熔解曲线是指随温度升高DNA的双螺旋结构降解程度的曲线。熔解曲线分析可以用来确定不同的反应产物,包括非特异性产物。
熔解曲线上有特征峰(Tm,DNA双链解链50%的温度),一般通过熔解曲线判断扩增产物是否单一:
1)TM在75-90之间;
2)单峰无杂峰;
主峰前有杂峰:可提高退货嗯度、降低引物浓度、重新设计引物
主峰后有杂峰:调整稀释倍数、减少引物
3)峰距在5个TM内最好。